Państwowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych jest państwowym funduszem celowym i posiada osobowość prawną.
Corocznie Fundusz opracowuje plan finansowy, który stanowi załącznik do ustawy budżetowej państwa. Opracowany plan, jak i sprawozdanie z jego realizacji, podlega ocenie przez sejmowe komisje: polityki społecznej i finansów publicznych. Ponadto Państwowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych jako podmiot gospodarujący funduszem celowym podlega corocznej kontroli przez Najwyższą Izbę Kontroli.
Organami Funduszu są Rada Nadzorcza i Zarząd.
W skład Zarządu Funduszu wchodzą Prezes Zarządu i jego dwaj zastępcy. Prezesa powołuje i odwołuje Prezes Rady Ministrów spośród osób wyłonionych w drodze otwartego i konkurencyjnego naboru, na wniosek ministra właściwego do spraw zabezpieczenia społecznego. Zastępców Prezesa, na wniosek Prezesa zaopiniowany przez Radę Nadzorczą, wyłonionych spośród osób wyłonionych w drodze otwartego i konkurencyjnego naboru, powołuje i odwołuje minister właściwy do spraw zabezpieczenia społecznego.
Podstawowymi jednostkami organizacyjnymi PFRON są:
Biuro Funduszu z siedzibą w Warszawie i Oddziały w 16 województwach.
Biuro PFRON realizuje zadania przypisane ustawą o rehabilitacji w tym m.in.: pobiera wpłaty od pracodawców, którzy nie zatrudniają osób niepełnosprawnych w procencie określonym ustawą o rehabilitacji oraz dofinansowuje pracodawcom dodatkowe koszty wynikające z zatrudniania osób niepełnosprawnych, dysponuje środkami wg. algorytmu dla powiatów i województw. Zajmuje się także tworzeniem i realizacją programów, nadzoruje wykonywanie zadań przez Oddziały PFRON.